Se utiliza principalmente en el tratamiento de enfermedades autoinmunes crónicas como la Artritis reumatoide, donde ayuda a disminuir la inflamación, el dolor y el daño progresivo en las articulaciones. También se emplea en pacientes con Artritis psoriásica y en casos severos de Psoriasis, contribuyendo a controlar la respuesta inmunológica y la proliferación excesiva de células de la piel. Además, el metotrexato puede utilizarse como parte del tratamiento de ciertos tipos de cáncer, incluyendo Leucemia, algunos Linfomas y el Cáncer de pulmón, debido a su capacidad para detener el crecimiento y la multiplicación de células anormales.